中国社会科学院日本研究所成立于1981年5月1日，是中国社科院下属的专门从事当代日本问题研究的学术机构。根据中国社会科学院的基本定位，日本研究所以“学术殿堂、思想库·智囊团“为任务目标，力争成为国内一流、国际知名的研究机构。
经过30多年的发展，日本研究所的研究领域扩展到当代日本的政治、经济、社会、文化、外交、安全等方面。日本研究所推出了一批高水平的科研成果，夯实了日本研究学科发展和应用研究的基础，奠定了当代日本综合研究的引领地位。日本研究所不断深入实施科研强所、人才强所、管理强所战略，深化科研和管理体制机制改革，努力构建日本研究创新体系。
日本研究所编制为58人，其中研究岗位为43人，科研辅助岗位为8人，行政管理岗位为7人。日本研究所的研究主体由获得博士学位和硕士学位的人员构成，每位研究人员均有明确的学科和研究领域定位，根据国家经济社会发展和当代哲学社会科学学科发展的需要，承担国家社科基金项目、中国社科院创新工程的重大项目、研究所创新工程项目、国情调查项目、各类委托交办项目等。
日本研究所由日本政治、日本外交、日本经济、日本社会、日本文化等五个研究室和《日本学刊》编辑部、网络资料室、综合办公室构成。日本研究所设置日本政治研究中心、中日关系研究中心、中日经济研究中心、中日社会文化研究中心等四个非实体跨所研究机构，代管中华日本学会和全国日本经济学会等两个全国性日本研究学术团体。日本研究所履行中国社会科学院研究生院日本学系职责，招收和培养当代日本研究的硕士生和博士生；设立当代日本研究博士后流动站，为中国的当代日本研究领域培养和输送人才。
日本研究所注重与国内外的日本研究机构建立学术交流关系，在合作研究、信息共享、交换资料、人员互访、举办论坛等方面作出了努力，积累了经验，建立了广泛的联系。日本研究所已经与国内外许多大学、智库、政府研究机构、新闻媒体机构建立了合作关系。日本研究所的信息平台和网站以及学刊已经成为国内外了解中国的当代日本研究的重要信息发布窗口。
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